Perheterapiaa alettiin kehittää 1950-luvulla, jolloin kohteina olivat erityisesti lastenpsykiatria, skitsofrenia ja psykoosien hoito. Kuitenkin koulutuksen suosio laajeni vasta 1980-luvulla, jolloin perheterapia nykymuodossaan alkoi kehittyä. Perheterapiaan on vaikuttanut voimakkaasti femin
istinen suuntaus, joka toi esiin naisen tasa-arvon mieheen nähden sekä kotona että muilla elämänalueilla. Se kyseenalaisti stereotypiat naisesta “kodin hengettärenä”, mikä vaikutti perheterapian sisältöön. Toisaalta viime vuosina sukupuolisensitiivisyys on korostanut myös miesnäkökulmaa.
Perheterapian taustalla ei ole yhtä ainoaa teoriaa, mutta sen kehittymiseen on oleisesti vaikuttanut systeemiteoria, jonka perustana on ajatus ihmisenä vuorovaikutusympäristönsä tuloksena. Yksittäinen ihminen kuuluu useisiin vuorovaikutusympäristöihin, kuten perhe, työyhteisö tai koululuokka, mahdollisesti myös harrastukseen liittyvä joukkue. Tämän lisäksi ihminen on osa yhteiskuntaa. Kaikki vuorovaikutusympäristöt vaikuttavat toisiinsa: esimerkiksi ongelmat vaikkapa työyhteisössä tai koulussa vaikuttavat myös perheeseen ja toisinpäin.
Viime vuosikymmeninä perheterapia on kehittynyt vastaamaan nykyajan ilmiöihin, kuten avioeroihin ja uusperheisiin sekä monikulttuurisuuden lisääntymiseen. Moinkulttuurisuus on haastanut pohtimaan, missä määrin perheet pitäisi sopeuttaa suomalaiseen kulttuuriin ja missä määrin tunnistetaan toisen kulttuurin myönteiset puolet ja monikulttuurisuus rikkautena.
Viime vuosikymmeninä myös perhelääketiede on kehittynyt omaksi, perheterapiaan liittyväksi alueekseen. Tavoitteena on tarkastella sekä somaattista että psyykkista sairastamista yhteisenä, vuorovaikutuksellisena kokonaisuutena. On havaittu, että koko perheen huomioiminen parantaa niin diagnooseja ja hoidon tuloksellisuutta kuin myös potilaitten hoitomyöntyvyyttä.